Filho de Manoel Francisco dos Santos e Firmina Teresa da Conceição, criado numa família de dezessete irmãos, diz-se que João Francisco chegou a ser trocado, quando criança, por uma égua. Quando jovem foi para Recife, onde viveu de pequenos serviços prestados. Posteriormente, mudou-se para o Rio de Janeiro, indo morar no bairro da Lapa. Analfabeto, o melhor emprego que conseguiu foi o de carregador de marmitas, embora houvesse o boato de que também tenha sido cozinheiro. Na entrevista ao Pasquim ele fala sobre receitas de preparação de peixes, mostrando conhecimento e experiência. Declara que exerceu essas habilidades quando no presídio da Ilha Grande, preparando refeições especiais para guardas e diretores. Considerado marginalizado, acredita-se que o fato de ter sido negro, pobre e homossexual tenha contribuído.
Era frequentador assíduo do bairro onde morava (conhecido como reduto carioca da malandragem e boemia na década de 20), onde muitas vezes trabalhou como segurança de casas noturnas e cuidava que as meretrizes não fossem vítimas de estupro ou agressão.
Foi preso várias vezes, chegando a ficar confinado ao presídio da Ilha Grande, agora em ruínas. Frequentemente, Madame Satã enfrentava a polícia, sendo detido por desacato à autoridade diversas vezes. Considerado exímio CAPOEIRISTA, lutou por várias vezes contra mais de um policial, geralmente em resposta a insultos que tivessem como alvo mendigos, prostitutas, travestis e negros.
É considerada uma referência na cultura marginal urbana do século XX.
Cumpriu pena de 16 anos por assassinato de um policial em 1928.
Ele teve publicado em 1972 o livro "Memórias de Madame Satã".
Em abril de 1976 faleceu logo após a sua última saída da prisão em sua casa (hoje um camping) vítima de um câncer de pulmão.
A ficha criminal ao longo de sua vida é vasta: No total foram 27 anos e 8 meses de prisão, 13 agressões, 4 resistências à prisão, 2 furtos, 2 recepções de furtos, 1 ultraje público ao pudor, 1 porte de arma, resistência à prisão entre outros.
Ele definia-se como "Filho de Iansã e Ogum, devoto de Josephine Baker".
No ano de 2002 foi rodado no Brasil um filme sobre sua vida, que leva também o nome de Madame Satã, premiado nacional e internacionalmente. Nesse filme, João Francisco dos Santos foi interpretado pelo ator Lázaro Ramos.
